В 2001 году он был удостоен звания почётного гражданина города Санкт-Петербурга, в 2002 году — Минска, в 2003 году — Витебска, а в 2004 году — Сан-Кристобаля (Венесуэла). В 2001 году в честь Алфёрова была названа малая планета (астероид).